做任何手术都会存在一定的风险，那么变性手术存在哪些风险呢？
生育问题
变性手术的**严格地说都未从生理上、解剖学上和功能上完全实现女性化或男性化。男变女或女变男都没有生殖能力，这是变性手术将来要解决的一个难题。
要解决这个问题，就要做器官移植或像国外研究下世纪可以让男人生孩子。把受精卵和胚胎放入男人腹腔内，怀孕到一定时期，完全摹拟母体内环境，定量吃药形成雌激素环境。这样男人也可以怀孕，到孕期将满时对其施行剖腹产。
所以解决变性人的生育问题可从这方面突破。另外，还可从器官移植方面进行突破。男变女患者可以移植女性的子宫、卵巢和腺体；女变男患者可移植男性的阴茎和睾丸。现在整形外科技术已达到人体任何器官都可用显微外科手术移植成活的程度，但还是解决不了排斥反应的问题。
内分泌问题
现在易性癖患者术后都要定期服用雄性或雌性激素，那么以后能否做器官移植或腺体移植，使患者不再需要服用生理剂量的激素。而且激素怎么给药能最佳的摹拟**生理情况，也要经过大量临床实验和研究，摸索出一套完整、科学的给药方法。而使患者符合生理变化的过程，这也是必须要解决的一个难题。
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